新井 亮一 (アライ リョウイチ)   

学術研究院(繊維学系)

先鋭領域融合研究群 バイオメディカル研究所 

教授 

学位

  • 博士(工学), 東京大学

研究キーワード

    X線結晶構造解析, 人工タンパク質デザイン, 融合タンパク質(キメラタンパク質), 改変タンパク質

研究分野

  • タンパク質工学,タンパク質デザイン,構造生物学,生物工学,合成生物学

メールアドレス

    rarai★shinshu-u.ac.jp

経歴

  • 2019年
    先鋭領域融合研究群バイオメディカル研究所生体分子イノベーション部門 専任教員
  • 2017年 - 2021年
    Journal of Bioscience and Bioengineering, Editor
  • 2016年 - 2019年
    信州大学菌類・微生物ダイナミズム創発研究センター 超分子複合体部門 部門長(兼任)
  • 2016年
    信州大学学術研究院(繊維学系) 准教授
  • 2014年 - 2016年
    信州大学学術研究院(繊維学系) 助教
  • 2013年 - 2018年
    理化学研究所ライフサイエンス技術基盤研究センター 客員研究員兼務
  • 2012年 - 2014年
    信州大学繊維学部 助教
  • 2007年 - 2012年
    信州大学ファイバーナノテク国際若手研究者育成拠点 助教(テニュアトラック)
  • 2006年 - 2007年
    日本学術振興会 海外特別研究員
  • 2004年 - 2006年
    理化学研究所ゲノム科学総合研究センター 研究員
  • 2001年 - 2006年
    理化学研究所播磨研究所ストラクチュローム研究グループ兼務
  • 2001年 - 2004年
    理化学研究所ゲノム科学総合研究センター リサーチアソシエイト
  • 1998年 - 2001年
    日本学術振興会 特別研究員(DC1)

学歴

  • 2019年 - 2019年, 米国ワシントン大学タンパク質デザイン研究所 David Baker Lab, Visiting scholar
  • 2006年 - 2007年, 米国プリンストン大学化学科 Michael H Hecht Lab (学振海外特別研究員)
  • 2001年, 東京大学, 工学系研究科, 化学生命工学専攻
  • 1998年, 東京大学, 工学系研究科, 化学生命工学専攻
  • 1996年, 東京大学, 工学部, 化学生命工学科

受賞

  • 2015年
    酵素工学研究会, 酵素工学奨励賞
    「配列パターンデザインによる新規人工設計タンパク質の半合理的創製と構造解析およびナノ構造構築への応用」
  • 2013年
    リバネス/メルクミリポア, 第13回リバネス研究費Direct Detect賞
  • 2011年
    Protein Data Bank 40th Anniversary Symposium, PDB40 Travel Award
    Protein Data Bank 40th Anniversary Symposium
  • 2011年
    The Protein Society, Protein Science Young Investigator Travel Grant / The Protein Society Finn Wold Travel Award
    IX European Symposium of The Protein Society
  • 2001年
    財団法人総合研究奨励会, 平成12年度石井学術奨励賞
  • 1996年
    化学工学会, 平成8年度化学工学会関東支部長賞(学生賞)

論文

  • Crystal structure and activity of a de novo enzyme, ferric enterobactin esterase Syn-F4
    Kodai Kurihara, Koji Umezawa, Ann E. Donnelly, Brendan Sperling, Guanyu Liao, Michael H. Hecht, and Ryoichi Arai
    Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 120(38), e2218281120, 2023年09月, 査読有り
    最終著者, 責任著者電子ジャーナル
  • Enzymatic Fabrication of Multifunctional Amyloid-based Protein Assembly
    Mitsuki Nakamura, Ryoichi Arai, Noriho Kamiya, Masafumi Sakono
    Chemistry Letters, 52(7), 538-541, 2023年07月, 査読有り
  • One-pot synthesis of fibrillar-shaped functional nanomaterial using microbial transglutaminase
    Sakono M, Nakamura M, Ohshima T, Miyakoshi A, Arai R, Minamihata K, Kamiya N.
    J. Biosci. Bioeng., 135(6), 440-446, 2023年06月, 査読有り
  • Reversible Assembly of an Artificial Protein Nanocage Using Alkaline Earth Metal Ions
    Ohara, Naoya; Kawakami, Norifumi; Arai, Ryoichi; Adachi, Naruhiko; Moriya, Toshio; Kawasaki, Masato; Miyamoto, Kenji;
    JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY, 145(1), 216-223, 2023年01月, 査読有りWebofScience電子ジャーナル
  • Multi-enzyme Machinery for Chitin Degradation in the Chitinolytic Bacterium Chitiniphilus shinanonensis SAY3T
    Hiroaki Sato, Norie Sonoda, Moe Nakano, Yuka Matsuyama, Arisa Shizume, Ryoichi Arai, Masahiro Nogawa, Goro Taguchi & Makoto Shimosaka
    CURRENT MICROBIOLOGY, 80, 360, 2023年, 査読有り電子ジャーナル
  • Production of pentaglycine-fused proteins using Escherichia coli expression system without in vitro peptidase treatment
    Sakono, Masafumi; Oshima, Tatsuki; Iwakawa, Takako; Arai, Ryoichi;
    PROTEIN EXPRESSION AND PURIFICATION, 194, 106068, 2022年06月, 査読有りWebofScience電子ジャーナル
  • Self-Assembling Lectin Nano-Block Oligomers Enhance Binding Avidity to Glycans
    Shin Irumagawa, Keiko Hiemori, Sayoko Saito, Hiroaki Tateno, Ryoichi Arai
    INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES, 23(2), 676, 2022年01月, 査読有り
    最終著者, 責任著者電子ジャーナル
  • Icosahedral 60-meric porous structure of designed supramolecular protein nanoparticle TIP60
    Junya Obata, Norifumi Kawakami, Akihisa Tsutsumi, Erika Nasu, Kenji Miyamoto, Masahide Kikkawa, Ryoichi Arai
    Chemical Communications, 57(79), 10226-10229, 2021年09月, 査読有り
    最終著者, 責任著者電子ジャーナル
  • Rational thermostabilisation of four-helix bundle dimeric de novo proteins
    Shin Irumagawa, Kaito Kobayashi, Yutaka Saito, Takeshi Miyata, Mitsuo Umetsu, Tomoshi Kameda & Ryoichi Arai
    SCIENTIFIC REPORTS, 11, 7526, 2021年04月06日, 査読有りリポジトリ電子ジャーナル
  • Hyperstable De Novo Protein with a Dimeric Bisecting Topology
    Kimura, N., Mochizuki, K., Umezawa K., Hecht, M.H., Arai, R.
    ACS Synthetic Biology, 9(2), 254-259, 2020年, 査読有りリポジトリ電子ジャーナル
  • 蛋白質ナノブロックによるレクチン超分子複合体の創出戦略
    入間川伸,新井亮一
    医学のあゆみ, 269(9), 690-696, 2019年, 査読有り
  • Lectin engineering: the possible and the actual
    Hirabayashi, J., Arai, R.
    Interface Focus, 9, 20180068, 2019年, 査読有りリポジトリ電子ジャーナル
  • 人工タンパク質ナノブロック複合体の設計開発
    小林 直也,川上 了史,新井 亮一
    生化学会, 91(2), 255-259, 2019年, 査読有りリポジトリ電子ジャーナル
  • 人工タンパク質ナノブロックによる多様な自己組織化ナノ構造複合体の創出
    小林直也,新井亮一
    生物物理, 58(6), 313-315, 2018年, 査読有り電子ジャーナル
  • Comparative analysis of plant isochorismate synthases reveals structural mechanisms underlying their distinct biochemical properties
    2. Yokoo, S., Inoue, S., Suzuki, N., Amakawa, N., Matsui, H., Nakagami, H., Takahashi, A., Arai R. and Katou, S.
    BIOSCIENCE REPORTS, 38, BSR20171457, 2018年, 査読有り電子ジャーナル
  • Hierarchical design of artificial proteins and complexes toward synthetic structural biology
    Arai, R.
    Biophysical Reviews, 10, 391-410, 2018年, 査読有り電子ジャーナル
  • Design of hollow protein nanoparticles with modifiable interior and exterior surfaces
    Norifumi Kawakami, Hiroki Kondo, Yuki Matsuzawa, Kaoru Hayasaka, Erika Nasu, Kenji Sasahara, Ryoichi Arai, Kenji Miyamoto
    Angewandte Chemie International Edition, 57, 12400-12404, 2018年, 査読有り電子ジャーナル
  • Self-assembling supramolecular nanostructures constructed from de novo extender protein nanobuilding blocks
    Naoya Kobayashi, Kouichi Inano, Kenji Sasahara, Takaaki Sato, Keisuke Miyazawa, Takeshi Fukuma, Michael H Hecht, Chihong Song, Kazuyoshi Murata, and Ryoichi Arai
    ACS Synthetic Biology, 7(5), 1381-1394, 2018年, 査読有りリポジトリ電子ジャーナル
  • Design and construction of self-assembling supramolecular protein complexes using artificial and fusion proteins as nanoscale building blocks
    Kobayashi, N. and Arai, R.
    Current Opinion in Biotechnology, 46, 57–65, 2017年, 査読有りリポジトリ電子ジャーナル
  • Characterization of silk gland ribosomes from a bivoltine caddisfly, Stenopsyche marmorata: translational suppression of a silk protein in cold conditions.
    Takaomi Nomura, Miho Ito, Mai Kanamori, Yuta Shigeno, Toshio Uchiumi, Ryoichi Arai, Masuhiro Tsukada, Kimio Hirabayashi, Kousaku Ohkawa
    Biochemical and biophysical research communications, 469, 210-215, 2016年, 査読有り
  • Flight density of the aquatic insect fauna over the water surface in the middle reaches of the Shinano River, Japan, mainly among caddisflies (Trichoptera)
    Hirabayashi, K.*, Ikutama, E., Ohkawa, K., Arai, R., Nomura, T., Tsukada, M., and Abe, K.
    Zoosymposia, 10, 203–213, 2016年
  • 二量体形成新規人工タンパク質を用いたタンパク質ナノブロック開発による自己組織化ナノ構造複合体の創製
    小林直也,新井亮一
    分子研レターズ, 73, 30–31, 2016年リポジトリ
  • 人工蛋白質で「かたち」をつくろう―ブロック遊びしようよ!
    小林直也,新井亮一
    生物工学会誌, 94, 270, 2016年リポジトリ
  • バイナリーパターン配列デザインによるデノボ蛋白質の創出と蛋白質ナノブロックによる超分子複合体の創生
    小林直也,木村尚弥,新井亮一
    生物工学会誌, 94, 485-488, 2016年リポジトリ
  • Expression, purification, crystallization and X-ray diffraction analysis of ChiL, a chitinase from Chitiniphilus shinanonensis
    Miruku Ueda, Makoto Shimosaka and Ryoichi Arai
    Acta Cryst. F, F71(12), 1516–1520, 2015年12月, 査読有りリポジトリ電子ジャーナル
  • Crystal structure of glycine oxidase from Geobacillus kaustophilus
    Shiono, T., Nomura, T., Nishiya, Y., and Arai, R.
    Photon Factory Activity Report 2014, 32(B), 204, 2015年
  • Crystal structure of Fab fragment of an anti-Osteocalcin C-Terminal peptide antibody KTM219
    Komatsu, M., Dong, J., Ueda, H., and Arai, R.
    Photon Factory Activity Report 2014, 32(B), 205, 2015年
  • Crystal structure of ChiL, a chitinase from Chitiniphilus shinanonensis
    Ueda, M., Shimosaka, M., and Arai, R.
    Photon Factory Activity Report 2014, 32(B), 206, 2015年
  • Molecular cloning, gene expression analysis, and recombinant protein expression of novel silk proteins from larvae of a retreat-maker caddisfly, Stenopsyche marmorata
    Xue Bai, Mayo Sakaguchi, Yuko Yamaguchi, Shiori Ishihara, Masuhiro Tsukada, Kimio Hirabayashi, Kousaku Ohkawa, Takaomi Nomura, Ryoichi Arai
    Biochem. Biophys. Res. Commun., 464(3), 814–819, 2015年, 査読有りWebofScienceリポジトリ電子ジャーナル
  • Self-Assembling Nano-Architectures Created from a Protein Nano-Building Block Using an Intermolecularly Folded Dimeric de Novo Protein
    Naoya Kobayashi, Keiichi Yanase, Takaaki Sato, Satoru Unzai, Michael H. Hecht, Ryoichi Arai
    J. Am. Chem. Soc., 137(35), 11285–11293, 2015年, 査読有りリポジトリ電子ジャーナル
  • Intermolecular interactions and molecular dynamics in bovine serum albumin solutions studied by small angle X-ray scattering and dielectric relaxation spectroscopy.
    Yanase, K., Arai R., and Sato, T.
    J. Mol. Liq., 200(A), 59-66, 2014年, 査読有り
  • Functional characterization of FABP3, 5 and 7 gene variants identified in schizophrenia and autism spectrum disorder and mouse behavioral studies.
    Shimamoto C, Ohnishi T, Maekawa M, Watanabe A, Ohba H, Arai R, Iwayama Y, Hisano Y, Toyota T, Toyoshima M, Suzuki K, Shirayama Y, Nakamura K, Mori N, Owada, Y, Kobayashi T, and Yoshikawa T
    Hum. Mol. Genet., 23, 6495-6511, 2014年, 査読有り
  • Crystal structure of glycine oxidase from Bacillus thuringiensis
    Ohishi, S., Shiono, T., Nishiya, Y., Nomura, T., and Arai, R.
    Photon Factory Activity Report 2013, 31(B), 274, 2014年
  • Chain conformational study on underwater silk protein from caddisfly, Stenopsyche marmorata: Implication of a fiber-forming mechanism
    Ohkawa, K., Hachisu, M., Nomura, T., Arai, R., Hirabayashi, K., Tsukada, M., and Abe, K
    Adv. Mater. Res., 796, 41706, 2013年
  • バイナリーパターンデザインによるデノボタンパク質WA20のドメインスワップ二量体構造
    小林直也,*新井亮一
    酵素工学研究会誌, 69, 19-25, 2013年
  • Long-range periodic sequence of Stenopsyche marmorata cement/silk protein: Purification and biochemical characterization
    Ohkawa, K., Miura, Y., Nomura, T., Arai, R., Abe, K., Tsukada M. and Hirabayashi, K.
    Biofouling, 29(4), 357-367, 2013年, 査読有り電子ジャーナル
  • Isolation of silk proteins from a caddisfly larva, Stenopsyche marmorata.
    Ohkawa, K., Miura, Y., Nomura, T., Arai, R., Abe, K., Tsukada M. and Hirabayashi, K.
    J. Fiber Bioeng. Informatics, 5, 125-137, 2012年
  • Domain-Swapped Dimeric Structure of a Stable and Functional De Novo 4-Helix Bundle Protein, WA20
    Arai, R., Kobayashi, N., Kimura, A., Sato, T., Matsuo, K., Wang, A.F., Platt, J.M., Bradley, L.H., Hecht, M.H.
    J. Phys. Chem. B, 116(23), 6789-6797, 2012年, 査読有りWebofScience電子ジャーナル
  • Solution structure of IseA, an inhibitor protein of DL-endopeptidases from Bacillus subtilis, reveals a novel fold with a characteristic inhibitory loop
    Arai, R., Fukui, S., Kobayashi, N. and Sekiguchi, J.
    J. Biol. Chem., 287(53), 44736-44748, 2012年, 査読有りWebofScienceリポジトリ電子ジャーナル
  • Crystal structure of a dimeric de novo 4-helix bundle protein, WA20
    Arai, R., Kobayashi, N., Kimura, A., Sato, T., Wang, A.F., Platt, J.M., Bradley, L.H. and Hecht, M.H.
    Photon Factory Activity Report 2010, 28, B256, 2011年
  • Crystal structure of a menaquinone biosynthetic enzyme, TthMqnD, complexed with its product, 1,4-dihydroxy-6-naphthoate
    Matsuo, K., Dairi, T., Seto, H. and Arai, R.
    Photon Factory Activity Report 2010, 28, B298, 2011年
  • Dissecting cell signaling pathways with genetically encoded 3-iodo-L-tyrosine
    Hayashi A, Hino N, Kobayashi T, Arai R, Shirouzu M, Yokoyama S, Sakamoto K.
    ChemBioChem, 12, 387-389, 2011年, 査読有りWebofScience電子ジャーナル
  • Polymorphism screening of brain-expressed FABP7, 5 and 3 genes and association studies in autism and schizophrenia in Japanese subjects
    Maekawa, M.,Iwayama, Y., Arai, R., Nakamura, K., Ohnishi, T., Toyota, T., Tsujii, M., Okazaki, Y., Osumi, N., Owada, Y., Mori, N., and Yoshikawa, T.
    J. Hum. Genet., 55, 127-130, 2010年, 査読有りWebofScience電子ジャーナル
  • Crystal structure of MqnD (TTHA1568), a menaquinone biosynthetic enzyme from Thermus thermophilus HB8
    Arai, R., Murayama, K., Uchikubo-Kamo, T., Nishimoto, M., Toyama, M., Kuramitsu, S., Terada, T., Shirouzu, M. and Yokoyama, S.
    J. Struct. Biol, 168, 575-581, 2009年, 査読有りWebofScience電子ジャーナル
  • Structure of archaeal glyoxylate reductase from Pyrococcus horikoshii OT3 complexed with nicotinamide adenine dinucleotide phosphate
    Yoshikawa, S.,* Arai, R.,* Kinoshita, Y., Uchikubo-Kamo, T., Wakamatsu, T., Akasaka, R., Masui, R., Terada, T., Kuramitsu, S., Shirouzu, M. and Yokoyama, S. (*The authors contributed equally to the work.)
    Acta Crystallogr. D, 63, 357-365, 2007年, 査読有り
  • Crystal structure of human myo-inositol monophosphatase 2, the product of the putative susceptibility gene for bipolar disorder, schizophrenia, and febrile seizures
    Arai, R.,* Ito, K.,* Ohnishi, T., Ohba, H., Akasaka, R., Bessho, Y., Hanawa-Suetsugu, K., Yoshikawa, T., Shirouzu, M. and Yokoyama, S.
    Proteins, 67, 732-742, 2007年, 査読有り
  • Fabp7 Maps to a Quantitative Trait Locus for a Schizophrenia Endophenotype
    Watanabe, A., Toyota, T., Owada, Y., Hayashi, T., Iwayama, Y., Matsumata, M., Ishitsuka, Y., Nakaya, A., Maekawa, M., Ohnishi, T., Arai, R., Sakurai, K., Yamada, K., Kondo, H., Hashimoto, K., Osumi, N. and Yoshikawa T.
    PLoS Biol., 5, E297, 2007年, 査読有り
  • Crystal structure of the probable haloacid dehalogenase PH0459 from Pyrococcus horikoshii OT3
    Arai, R., Kukimoto-Niino, M., Kuroishi, C., Bessho, Y., Shirouzu, M. and Yokoyama, S.
    Protein Sci., 15, 373-377, 2006年, 査読有り
  • Structure of human ubiquitin-conjugating enzyme E2 G2 (UBE2G2/UBC7)
    Arai, R.,* Yoshikawa, S.,* Murayama, K., Imai, Y., Takahashi, R., Shirouzu, M. and Yokoyama, S.
    Acta Crystallogr. F, 62, 330-334, 2006年, 査読有り
  • Crystal structure of the conserved protein TTHA0727 from Thermus thermophilus HB8 at 1.9 A resolution: A CMD family member distinct from carboxymuconolactone decarboxylase (CMD) and AhpD
    Ito, K.,* Arai, R.,* Fusatomi, E., Kamo-Uchikubo, T., Kawaguchi, S., Akasaka, R., Terada, T., Kuramitsu, S., Shirouzu, M. and Yokoyama, S.
    Protein Sci., 15, 1187-1192, 2006年, 査読有り
  • Conserved protein TTHA1554 from Thermus thermophilus HB8 binds to glutamine synthetase and cystathionine beta-lyase
    Arai, R.,* Nishimoto, M.,* Toyama, M., Terada, T., Kuramitsu, S., Shirouzu, M. and Yokoyama, S. Conserved protein TTHA1554 from Thermus thermophilus HB8 binds to glutamine synthetase and cystathionine beta-lyase
    Biochim. Biophys. Acta, 1750, 40-47, 2005年, 査読有り
  • Crystal structure of an enhancerof rudimentary homolog (ERH) at 2.1 Angstroms resolution
    Arai, R., Kukimoto-Niino, M., Uda-Tochio, H., Morita, S., Uchikubo-Kamo, T., Akasaka, R., Etou, Y., Hayashizaki, Y., Kigawa, T., Terada, T., Shirouzu, M. and Yokoyama, S.
    Protein Sci., 14, 1888-1893, 2005年, 査読有り
  • Conformations of variably linked chimeric proteins evaluated by synchrotron X-ray small-angle scattering
    Arai, R., Wriggers, W., Nishikawa, Y., Nagamune, T. and Fujisawa, T.
    Proteins, 57, 829-838, 2004年, 査読有り
  • Phosphorylation analysis of 90 kDa heat shock protein within the cytosolic arylhydrocarbon receptor complex
    Ogiso, H., Kagi, N., Matsumoto, E., Nishimoto, M., Arai, R., Shirouzu, M., Mimura, J., Fujii-Kuriyama, Y. and Yokoyama, S.
    Biochemistry, 43, 15510-15519, 2004年, 査読有り
  • Establishment of stable hFis1 knockdown cells with an siRNA expression vector
    Arai, R.,* Ito,K.,* Wakiyama, M., Matsumoto, E., Sakamoto, A., Etou, Y., Otsuki, M., Inoue, M., Hayashizaki, Y., Miyagishi, M., Taira, K., Shirouzu, M. and Yokoyama, S.
    J. Biochem., 136, 421-425, 2004年, 査読有り
  • An optimized homogeneous noncompetitive immunoassay based on the antigen-driven enzymatic complementation
    Ueda, H., Yokozeki, T., Arai, R., Tsumoto, K., Kumagai, I. and Nagamune, T.
    J. Immunol. Methods, 279, 209-218, 2003年, 査読有り
  • Detection of protein-protein interaction by bioluminescence resonance energy transfer from firefly luciferase to red fluorescent protein
    Arai, R., Nakagawa, H., Kitayama, A., Ueda, H. and Nagamune, T
    J. Biosci. Bioeng., 94, 362-364, 2002年, 査読有り
  • A homogeneous and noncompetitive immunoassay based on the enhanced fluorescence resonance energy transfer by leucine zipper interaction
    Ohiro, Y., Arai, R., Ueda, H. and Nagamune, T.
    Anal. Chem., 74, 5786-5792, 2002年, 査読有り
  • A homogeneous noncompetitive immunoassay for the detection of small haptens
    Yokozeki, T., Ueda, H., Arai, R., Mahoney, W. and Nagamune, T.
    Anal. Chem., 74, 2500-2504, 2002年, 査読有り
  • Design of an artificial light-harvesting unit by protein engineering: Cytochrome b(562)-green fluorescent protein chimera
    Takeda, S., Kamiya, N., Arai, R. and Nagamune, T.
    Biochem. Biophys. Res. Commun., 289, 299-304, 2001年, 査読有り
  • Construction of green fluorescent protein reporter genes for genotoxicity test (SOS/umu-Test) and improvement of mutagen-sensitivity
    Arai, R., Makita, Y., Oda, Y. and Nagamune, T.
    J. Biosci. Bioeng, 92, 301-304, 2001年, 査読有り
  • Design of the linkers which effectively separate domains of a bifunctional fusion protein
    Arai, R., Ueda, H., Kitayama, A., Kamiya, N. and Nagamune, T.
    Protein Eng., 14, 529-532, 2001年, 査読有り
  • Demonstration of a homogeneous noncompetitive immunoassay based on bioluminescence resonance energy transfer
    Arai, R., Nakagawa, H., Tsumoto, K., Mahoney, W., Kumagai, I., Ueda, H. and Nagamune, T.
    Anal. Biochem., 289, 77-81, 2001年, 査読有り
  • Fluorolabeling of antibody variable domains with green fluorescent protein variants: application to an energy transfer-based homogeneous immunoassay
    Arai, R., Ueda, H., Tsumoto, K., Mahoney, W.C., Kumagai, I. and Nagamune, T.
    Protein Eng., 13, 369-376, 2000年, 査読有り
  • Construction of chimeric proteins between protein G and fluorescence-enhanced green fluorescent protein, and their application to immunoassays
    Arai, R., Ueda, H. and Nagamune, T.
    J. Ferment. Bioeng., 86, 440-445, 1998年, 査読有り

MISC

  • 糖タンパク質の糖鎖修飾部位の網羅的同定方法
    新井亮一 (トピックス解説)
    ぶんせき, (11), 686, 2003年, 査読有り

書籍等出版物

  • Protein Cages, Methods in Molecular Biology 2671
    Naoya Kobayashi and Ryoichi Arai, 分担執筆, Protein Cages and Nanostructures Constructed from Protein Nanobuilding Blocks
    Humana Press (Springer Nature), 79-94 2023年06月
  • クライオ電子顕微鏡ハンドブック
    新井亮一,川上了史,小幡隼也,包明久,那須英里圭,宮本憲二,吉川雅英, 分担執筆, 人工設計タンパク質ナノ粒子TIP60の立体構造解析
    エヌ・ティー・エス, 165–174 2023年
  • Methods in Enzymology 647
    Ryoichi Arai, 分担執筆, Linkers in Biomacromolecules Chapter 8 "Design of helical linkers for fusion proteins and protein-based nanostructures"
    Elsevier, 209-230 2021年, 査読有り
    電子ジャーナル
  • Biotechnology of Silk: Biologically inspired systems Volume 5
    Ohkawa, K., Nomura, T., Arai, R., Hirabayashi, K., Tsukada, M., and Abe , K., 分担執筆, Characterization of underwater silk proteins from caddisfly larva, Stenopsyche marmorata
    Springer, New York, Ch. 6, pp. 107-122 2013年
  • 蛋白質核酸酵素(増刊号)「ゲノムネットワーク」 49
    新井亮一,白水美香子,横山茂之,廣田 洋, 分担執筆, 蛋白質-蛋白質相互作用「Tagged-MS法」
    共立出版, 2763-2767 2004年
  • 実験医学別冊「GFPとバイオイメージング
    新井亮一,上田 宏,長棟輝行, 分担執筆, GFPの検出およびイメージング技術「分子間相互作用解析実験」
    羊土社, 207-214 2000年

講演・口頭発表等

  • Crystal structures of MqnD, a menaquinone biosynthetic enzyme, complexed with the product, 1,4-dihydroxy-6-naphthoate, and its analogs
    Arai, R., Matsuo, K. and Dairi, T.
    4th International Symposium on Diffraction Structural Biology 2013 (ISDSB2013), 2013年
  • A De Novo Heme Protein, Dnhps1, Created from a 5-Amino Acid Alphabet
    Fukuda, S., Kurasawa, S., and Arai, R.
    27th Annual Symposium of The Protein Society, 2013年
  • Solution structure of IseA, an inhibitor protein of DL-endopeptidases from Bacillus subtilis, reveals a novel fold with a characteristic inhibitory loop
    Arai, R., Fukui, S., Kobayashi, N. and Sekiguchi, J.
    International Conference on Structural Genomics 2013 (ICSG2013), 2013年
  • Structural and functional analyses of binary pattern designed de novo proteins
    Arai, R. Kobayashi, N., Fukuda, S., Kurasawa, S. and Hecht, M. H.
    Enzyme Engineering XXII, 2013年
  • Characterization and nanofiber fabrication of underwater silk protein from Stenopsyche marmorata
    Kousaku Ohkawa, Yumi Miura, Takaomi Nomura, Ryoichi Arai, Kimio Hirabayashi, Masuhiro Tsukada, and Koji Abe
    American Chemical Society, National Meething, 2013 Spring, 2013年
  • Biochemical natures of underwater silk proteins from caddisfly, Stenopsyche marmorata
    Kousaku Ohkawa, Masakazu Hachisu, Takaomi Nomura, Ryoichi Arai, Masuhiro Tsukada and Kimio Hirabayashi
    The International Textile Conference 2013, 2013年
  • Construction and characterization of tandem WA20 domain-swapped de novo proteins with various linkers.
    Naoya Kobayashi, N., Michael H. Hecht, and Ryoichi Arai
    27th Annual Symposium of The Protein Society., 2013年
  • Molecular cloning of novel silk proteins from larvae of caddisfly, Stenopsyche marmorata
    X.Bai, K.Ohkawa, T.Nomura, S.Ishihara, Y.Yamaguchi, M.Tsukada, K.Abe, K.Hirabayashi, R. Arai
    Young Researcher Symposium 2013, 2013年
  • Molecular cloning of novel silk proteins from larvae of caddisfly, Stenopsyche marmorata
    K. Ohkawa, M. Hachisu, T.Nomura, R.Arai, K. Hirabayashi, M. Tsukada and K. Abe
    8th Chaina International Silk Conference 2013, 2013年
  • De novo proteins and interaction analysis using pattern-designed peptide libraries
    Arai, R., Kobayashi, N., Kimura, A., Teranishi, H., Sato, T., Bradley, L. H., Nishimura, Y., and Hecht, M. H.
    Gordon Research Conference, Intrinsically Disordered Proteins, 2012年
  • Domain-Swapped Dimeric Structure of a Stable and Functional De Novo Four-Helix Bundle Protein WA20, and its Potential Application
    Arai, R., Kobayashi, N., Kimura, A., Sato, T., and Hecht, M. H.
    18th Symposium of Young Asian Biochemical Engineers' Community (YABEC2012), 2012年
  • Underwater silk fibers–Biochemical natures for novel textile technology
    Kousaku Ohkawa, Yumi Miura, Takaomi Nomura, Ryoichi Arai, Koji Abe, Masuhiro Tsukada and Kimio Hirabayashi
    9th Asia-Pacific Marine Biotechnogy Conference, 2012年
  • Isolation of silk proteins from a caddisfly larva, Stenopsyche marmorata
    Kousaku Ohkawa, Yumi Miura, Takaomi Nomura, Ryoichi Arai, Koji Abe, Masuhiro Tsukada and Kimio Hirabayashi
    Textile Bioengneering Informatics Symposium 2012, 2012年
  • Repetitive Sequential Motifs of Underwater Silk Protein from Caddisfly, Stenopsyche marmorata, 
    Kousaku OHKAWA, Yumi MIURA, Takaomi NOMURA, Ryoichi ARAI, Kimio HIRABAYASHI, Masuhiro TSUKADA, and Koji ABE
    American Chemical Society, Annual Meeting Spring 2012, 2012年
  • Function and Three Dimensional Structure of an Autolysin Inhibitor IseA from Bacillus subtilis
    Junichi Sekiguchi and Ryoichi Arai
    American Society for Microbiology, General Meeting (asm2012), 2012年
  • Flight density of aquatic insects fauna over river water surface in the middle reaches of the Shinano River, Japan, with emphasis on Trichoptera.
    Hirabayashi K., Ohkawa K., Arai R., Nomura T., Tsukada M. and Abe K.
    14th International symposium on Trichoptera, 2012年
  • Crystal structure of a dimeric de novo 4-helix bundle protein WA20
    Arai, R., Kimura, A., Kobayashi, N., Sato, T., Wang, A. F., Platt, J., Bradley, L. H. and Hecht, M. H.
    IX European Symposium of The Protein Society 13013, p.87, 2011年
  • Domain-swapped dimeric structure of a de novo 4-helix bundle protein, WA20
    Arai, R., Kobayashi, N., Kimura, A., Sato, T., Wang, A. F., Platt, J., Bradley, L. H. and Hecht, M. H.
    PDB40 Symposium (A Special Symposium Celebrating the 40th Anniversary of the Protein Data Bank), 2011年
  • Domain-swapped dimeric structure of a stable and functional de novo 4-helix bundle protein, WA20
    Kobayashi, N., Kimura, A., Sato, T., Matsuo T., Wang, A. F., Platt, J., Bradley, L. H. Hecht, M. H. and Arai, R.,
    6th International Conference on Advanced Fiber/Textile Materials 2011, 2011年
  • Crystal structure of MqnD, a menaquinone biosynthetic enzyme from Thermus thermophilus HB8
    Arai, R., Murayama, K., Uchikubo-kamo, T., Nishimoto, M., Toyama, M., Kuramitsu, S., Terada, T., Shirouzu, M. and Yokoyama, S.
    Gordon Research Conference, Biopolymers 0, 2010年
  • Crystal structure of MqnD (TTHA1568), a menaquinone biosynthetic enzyme from Thermus thermophilus HB8
    R. Arai, K. Murayama, T. Uchikubo-Kamo, M. Nishimoto, M. Toyama, S. Kuramitsu, T. Terada, M. Shirouzu, S. Yokoyama
    21st IUBMB and 12th FAOBMB International Congress of Biochemistry and Molecular Biology, 2009年
  • A four-helix bundle de novo heme protein by phage display screening
    R. Arai, M. H. Hecht
    7th East Asian Symposium on Polymers for Advanced Technologies (EASPAT 2009), 2009年
  • Protein Composition in Silk Grand of Caddisfly, Stenopsyche Marmorata, Larva.
    K. Ohkawa, T. Nomura, R.Arai, K. Abe, M. Tsukada, K. Hirabayashi
    14th International Symposium on River and Lake Environments, 2009年
  • Design and construction of functional artificial proteins: Phage display screening of four-helix bundle de novo proteins
    R. Arai, M.H. Hecht
    4th International Conference on Advanced Fiber/Textile Materials 2007 in Ueda (ICAFTM2007), 2007年

担当経験のある科目_授業

  • 情報科学・統計学演習(分担)
    信州大学
  • 情報科学・統計学演習(分担)
    信州大学
  • 情報科学・統計学演習(分担)
    信州大学
  • 情報科学・統計学演習(分担)
    信州大学
  • 情報科学・統計学演習(分担)
    信州大学
  • 情報科学・統計学演習(分担)
    信州大学
  • 情報科学・統計学演習(分担)
    信州大学
  • 情報科学・統計学演習(分担)
    信州大学
  • 情報科学・統計学演習(分担)
    信州大学
  • 分子生物学Ⅱ(分担)
    信州大学
  • 分子生物工学実験(分担)
    信州大学
  • 分子生物工学実験(分担)
    信州大学
  • 生化学Ⅱ
    信州大学
  • 生化学Ⅱ
    信州大学
  • 生化学Ⅱ
    信州大学
  • 作文・プレゼンテーション演習
    信州大学
  • 作文・プレゼンテーション演習
    信州大学
  • フィールド科学実習(分担)
    信州大学
  • 資源生物利用学実験(分担)
    信州大学
  • フィールド科学実習(分担)
    信州大学
  • 資源生物利用学実験(分担)
    信州大学
  • 生化学Ⅱ
    信州大学
  • 作文・プレゼンテーション演習
    信州大学
  • フィールド科学実習(分担)
    信州大学
  • 資源生物利用学実験(分担)
    信州大学
  • 生化学Ⅱ
    信州大学
  • 作文・プレゼンテーション演習
    信州大学
  • フィールド科学実習(分担)
    信州大学
  • 資源生物利用学実験(分担)
    信州大学
  • 化学基礎実験I(分担)
    信州大学
  • 新入生ゼミナール(分担)
    信州大学
  • 新入生ゼミナール(分担)
    信州大学
  • 化学基礎実験I(分担)
    信州大学
  • 新入生ゼミナール(分担)
    信州大学
  • 化学基礎実験I(分担)
    信州大学
  • 新入生ゼミナール(分担)
    信州大学
  • 化学基礎実験I(分担)
    信州大学
  • 新入生ゼミナール(分担)
    信州大学
  • 化学基礎実験I(分担)
    信州大学
  • 新入生ゼミナール(分担)
    信州大学
  • 化学基礎実験I(分担)
    信州大学
  • 新入生ゼミナール(分担)
    信州大学
  • 化学基礎実験I(分担)
    信州大学
  • 新入生ゼミナール(分担)
    信州大学
  • 化学基礎実験I(分担)
    信州大学
  • 新入生ゼミナール(分担)
    信州大学
  • 化学基礎実験I(分担)
    信州大学
  • 新入生ゼミナール(分担)
    信州大学
  • 生化学Ⅱ
    信州大学
  • 生化学Ⅱ
    信州大学
  • 生化学Ⅱ
    信州大学
  • 生化学Ⅱ
    信州大学
  • 生化学Ⅱ
    信州大学
  • 生化学Ⅱ
    信州大学
  • 生化学Ⅱ
    信州大学
  • 蛋白質工学(分担)
    信州大学
  • 生化学Ⅱ
    信州大学

所属学協会

  • 日本蛋白質科学会
  • 日本生物工学会
  • 日本分子生物学会
  • 酵素工学研究会
  • 日本化学会生体機能関連化学部会
  • 「細胞を創る」研究会

共同研究・競争的資金等の研究課題

  • 機能性タンパク質ナノブロック複合体創製の基盤的プロセス技術開発と応用展開
    科学研究費補助金, 基盤研究(B)
    2019年 - 2021年
  • 蛋白質ナノブロック複合体の合理的超四次構造形成による機能性超分子結晶ナノ材料開発
    科学研究費補助金, 国際共同研究加速基金(国際共同研究強化)
    2018年 - 2020年
  • サーマルプログラミングによる蛋白質ナノブロックの逐次的自己組織化基盤技術の開発
    科学研究費補助金, 基盤研究(C)
    2016年 - 2019年
  • 人工蛋白質ナノブロック自己組織化超分子複合体の構造機能解析と動的秩序系設計構築
    科学研究費補助金, 新学術領域研究(生命分子システムにおける動的秩序形成と高次機能発現・公募研究)
    2016年 - 2017年
  • 水生昆虫シルクナノ繊維と3次元織布技術を用いる幹細胞培養足場材料開発
    科学研究費補助金, 基盤研究(B)
    2014年 - 2017年
  • 植物のフラボノイドC配糖化酵素の反応機構の解明
    科学研究費補助金, 基盤研究(C)
    2014年 - 2016年
  • 限定アミノ酸セットによる原始的人工ヘム蛋白質の創製及び分子進化工学,第13回リバネス研究費Direct Detect賞
    2013年
  • ピロリ菌型メナキノン生合成経路酵素群の立体構造解析及び反応機構解明
    科学研究費補助金, 若手研究(B)
    2012年 - 2015年
  • 網羅的ペプチド相互作用実験データを用いた天然変性蛋白質の特性解析と親和性デザイン
    科学研究費補助金, 新学術領域研究(天然変性タンパク質の分子認識機構と機能発現・公募研究)
    2012年 - 2013年
  • 細菌細胞表層制御による細胞増殖,形態,機能維持メカニズムの解明
    科学研究費補助金, 基盤研究(A)
    2010年 - 2012年
  • アレルギー性疾患予防のためのトビケラ目大量飛来時期高精度予測手法の開発
    科学研究費補助金, 基盤研究(C)
    2010年 - 2012年
  • 水生昆虫バイオシルクの特性解析、高機能化、医工学分野への応用
    科学研究費補助金, 基盤研究(C)
    2010年 - 2012年
  • パターンデザインペプチドライブラリーを用いた天然変性タンパク質の特性解析
    科学研究費補助金, 新学術領域研究(天然変性タンパク質の分子認識機構と機能発現・公募研究)
    2010年 - 2011年
  • 新規メナキノン生合成経路酵素の構造機能解析及び阻害剤探索, ホクト生物科学振興財団研究奨励金給付事業
    ホクト生物科学振興財団
    2010年
  • 信州産ヒゲナガカワトビケラの絹糸に学ぶ新繊維材料の創出に向けて, 平成20年度信州大学若手研究者萌芽研究支援事業
    2008年 - 2008年
  • タンパク質ナノブロック複合体の設計開発
  • 人工タンパク質の設計開発
  • 改変・融合タンパク質の構築と応用
  • タンパク質のX線結晶構造解析

論文指導

  • 2009年, 2, 2
  • 2008年, 1, 1
  • 2017年, 2, 2, 3
  • 2018年, 2, 2, 5, 3
  • 2010年, 2, 2, 2, 1
  • 2011年, 2, 1, 2, 4, 1
  • 2012年, 2, 2, 4, 1, 3, 1
  • 2020年, 3, 3, 2, 1, 1
  • 2019年, 2, 2, 3, 2, 1
  • 2021年, 3, 2, 1
  • 2013年, 3, 3, 2, 1, 1, 1, 1
  • 2014年, 2, 2, 4, 1, 1
  • 2015年, 2, 2, 4, 3, 1
  • 2016年, 2, 2, 2, 1, 1, 1

留学生受入

  • 2011年, 1, 1, B4
  • 2013年, 1, 1, M2
  • 2012年, 1, 1, M1

学部内委員会等

  • 2012年, 図書委員会, 委員
  • 2013年, 学生委員会, 委員