Doctor of Agriculture, Shinshu University

2025 - Present
Shinshu University, Faculty of Agriculture, Assistant Professor

2025 - 2025
Visiting researcher in University of Turin

2024 - 2025
Japan Society for the Promotion of Science, Research Fellowship for Young Scientists (PD), Kyoto University

2023 - 2024
University of Molise, Department of Agriculture, Environment and Food Sciences, Visiting researcher

2023 - 2024
Japan Society for the Promotion of Science, Research Fellowship for Young Scientists (PD), Shinshu University

2022 - 2023
Japan Society for the Promotion of Science, Research Fellowship for Young Scientists (DC2), Shinshu University

2021 - 2022
Shinshu University, Shinshu Industry-Academia Co-creation Fellow

2021 - 2023, Shinshu University, Department of Science and Technology, Graduate School of Medicine, Science and Technology

2019 - 2021, Shinshu University, Department of Agriculture, Graduate School of Science and Technology

2015 - 2019, Shinshu University, Faculty of Agriculture, Department of Agricultural and Life Sciences

2021
“The Horticulture Journal” annual paper award in 2022

2019
日本育種学会, 第30回日本育種学会中部地区談話会 優秀ポスター賞

Inheritance characteristics and potential of genomic prediction for pungency levels in F1 progeny of chili pepper (Capsicum annuum)
Nahed Ahmed; Kenichi Matsushima; Yui Kumanomido; Mariasilvia D’Andrea; Valentino Palombo; Shino Futatsuyama; Kazuhiro Nemoto; Fumiya Kondo
Breeding Science, 75(4), 303-314, 2025
Last, Corresponding

Prediction of fruit shapes in F1 progenies of chili peppers (Capsicum annuum) based on parental image data using elliptic Fourier analysis
Fumiya Kondo; Yui Kumanomido; Mariasilvia D’Andrea; Valentino Palombo; Nahed Ahmed; Shino Futatsuyama; Kazuhiro Nemoto; Kenichi Matsushima
Computers and Electronics in Agriculture, 236, 110422-110422, 2025
Lead, Corresponding

Phenotypic simulation for fruit-related traits in F1 progenies of chili peppers (Capsicum annuum) using genomic prediction based solely on parental information
Fumiya Kondo; Yui Kumanomido; Mariasilvia D’Andrea; Valentino Palombo; Nahed Ahmed; Shino Futatsuyama; Kazuhiro Nemoto; Kenichi Matsushima
Molecular Genetics and Genomics, 300(15), 2025, Refereed
Lead, Corresponding

Identification of inheritance and genetic loci responsible for wrinkled fruit surface phenotype in chili pepper (Capsicum annuum) by quantitative trait locus analysis
Nahed Ahmed; Kenichi Matsushima; Kazuhiro Nemoto; Fumiya Kondo
Molecular Breeding, 45(1), Dec. 2024
Last, Corresponding

Genetic Diversity and Phylogenetic Relationships of Capsicum frutescens in the Asia–Pacific Region: The Pacific Dispersal Route
Sota Yamamoto; Sota Koeda; Ryutaro Nakano; Shota Sakaguchi; Atsushi J. Nagano; Yoshiyuki Tanaka; Fumiya Kondo; Kenichi Matsushima; Nobuhiko Komaki
International Journal of Historical Archaeology, 2024, Refereed

Effects of Different Treatment Environments on Compositional Changes in Buckwheat (Fagopyrum esculentum Moench) when Exposed to Cold Water
Kenji Yamane; Fumiya Kondo; Yasuhiro Hamauzu; Kazuhiro Nemoto; Kenichi Matsushima
Journal of Cookery Science of Japan, 57(5), 281-291, 2024, Refereed

Remapping the precise genomic positions of two loci (Shql3 and Shql7) associated with the reduction of pungency in chili pepper (Capsicum annuum)
Fumiya Kondo; Koyuki Umeda; Kazuhiro Nemoto; Kenichi Matsushima
Acta Horticulturae, (1404), 663-668, 2024, Refereed
Lead, Corresponding

Identification of inheritance manner and responsible locus (Acsh) related to seed-shattering in grain amaranthus (Amaranthus cruentus)
Fumiya Kondo; Takara Mikoshiba; Reo Fujihara; Kenichi Matsushima; Kazuhiro Nemoto
Euphytica, 220, 136, 2024, Refereed
Lead, Corresponding

An 18.5-kbp Deletion in the Genomic Region, Including the Pun1 is Responsible for Non-pungency Traits in the Japanese Sweet Pepper ‘Sampo Oamanaga’ (Capsicum annuum)
Moe Yamaguchi; Fumiya Kondo; Kazuhiro Nemoto; Kenichi Matsushima
The Horticulture Journal, 93(2), 143-152, 2024, Refereed

Excess Phosphorus Reduces the Pungency and Expression of Capsaicinoid Biosynthesis Genes in Chili Pepper (Capsicum annuum L.)
Sathya Prabandaka SUDASINGHE; Fumiya KONDO; R. M. S. M. B. RATHNAYAKA; Minemo MINAMI; Kazuhiro NEMOTO; Kenichi MATSUSHIMA
Tropical Agriculture and Development, 67(3), 72-82, 2023, Refereed

Collaborative Exploration of Capsicum and Solanum Genetic Resources in Northern Vietnam, 2022
Fumiya Kondo; Kazunori Takeda; Koyuki Umeda; Yui Kumanomido; Shiori Masuda; Van Kien Nguyen; Thi Thu; Hoai Tran; Kenichi Matsushima
Annual Report on Exploration and Introduction of Plant Genetic Resources, 39, 85-104, 2023, Refereed
Lead

Genetic analysis of pungency deficiency in Japanese chili pepper 'Shishito' (Capsicum annuum) revealed its unique heredity and brought the discovery of two genetic loci involved with the reduction of pungency.
Fumiya Kondo; Koyuki Umeda; Sathya Prabandaka Sudasinghe; Moe Yamaguchi; Shintaro Aratani; Yui Kumanomido; Kazuhiro Nemoto; Atsushi J Nagano; Kenichi Matsushima
Molecular Genetics and Genomics, 298(1), 201-212, 2023, Refereed
Lead

RNA sequencing in parthenocarpic chili pepper (Capsicum annuum) fruit reveals genes involved in transcriptional regulation of capsaicinoid biosynthesis genes responsible for the fluctuation of pungency
Fumiya Kondo; Yui Kumanomido; Kazuhiro Nemoto; Kenichi Matsushima
Scientia Horticulturae, 306, 111456-111456, 2022, Refereed
Lead

Drought Stress Induced an Increase in the Pungency and Expression of Capsaicinoid Biosynthesis Genes in Chili Pepper (Capsicum annuum L.)
R. M. S. M. B. Rathnayaka; Fumiya Kondo; Sudasinghe Sathya Prabandaka; Kazuhiro Nemoto; Kenichi Matsushima
The Horticulture Journal, 90(4), 410-419, 2021, Refereed

Parthenocarpy Induced Fluctuations in Pungency and Expression of Capsaicinoid Biosynthesis Genes in a Japanese Pungency-variable Sweet Chili Pepper ‘Shishito’ (Capsicum annuum)
Fumiya Kondo; Kanami Hatakeyama; Ayana Sakai; Mineo Minami; Kazuhiro Nemoto; Kenichi Matsushima
The Horticulture Journal, 90(1), 48-57, 2021, Refereed
Lead

The pungent-variable sweet chili pepper 'Shishito' (Capsicum annuum) provides insights regarding the relationship between pungency, the number of seeds, and gene expression involving capsaicinoid biosynthesis.
Fumiya Kondo; Kanami Hatakeyama; Ayana Sakai; Mineo Minami; Kazuhiro Nemoto; Kenichi Matsushima
Molecular genetics and genomics, 296(3), 591-603, 2021, Refereed
Lead

Collaborative Exploration of Capsicum Plant Genetic Resources in Northwest Myanmar, 2019
Fumiya Kondo; Ohmmar Saw; Kenichi Matsushima
Annual Report on Exploration and Introduction of Plant Genetic Resources, 36, 159-172, 2020, Refereed
Lead

Collaborative Exploration of Plant Genetic Resources in Northern Cambodia, 2018
Fumiya Kondo; Seang Layheng; Maho Tokuda; R.M.S.M.B Rathnayaka; Sakhan Sophany; Kenichi Matsushima
Annual Report on Exploration and Introduction of Plant Genetic Resources, 35, 162-184, 2019, Refereed
Lead

ペチュニアの花のスター模様発生に寄与するゲノム領域の調査
森栞奈; 奥田渚; 近藤文哉; 牧隆宏; 木下有羽; 田中義行; 大野翔
園芸学会令和8年度春季大会研究発表, Mar. 2026

Prediction of fruit shapes in F1 generation of chili peppers (Capsicum annuum) based on parental image data
近藤文哉; 熊埜御堂由依; Mariasilvia D’Andrea,Valentino Palombo; 根本和洋; 松島憲一
園芸学会令和8年度春季大会研究発表, Mar. 2026

Genetic stability of dwarfism and environmental responses in finger millet (Eleusine coracana): comparison between Kamitaira wild-type and a derived dwarf mutant
Deweddanage Geeth Sameera; Kazuhiro Nemoto; Fumiya Kondo; Nobuyuki Kurauchi; Kenichi Matsushima
日本熱帯農業学会第139回講演会, Mar. 2026

ネパールで収集された4倍体栽培アカザ属植物 (Chenopodium sp.)の形態的および細胞遺伝学的特性
齋藤温仁,根本和洋,近藤文哉,河瀨眞琴,松島憲一
日本熱帯農業学会第139回講演会, Mar. 2026

Development of a new prediction method for fruit shape in F1 progenies of chili pepper based on parental image data using elliptic Fourier analysis
Fumiya Kondo; Mariasilvia D’Andrea; Vlentino Palombo; Kenichi Matsushima
27th International Pepper Conference（IPC2026）, Jan. 2026

核ゲノムおよび葉緑体ゲノムの配列解析によるミャンマー北西部収集Capsicum chinense系統と中南米原産C. chinense品種との類縁関係の解明
亀山魁人; 海野研太郎; 近藤文哉; 根本和洋; 松島憲一
園芸学会令和7年度春季大会研究発表, Mar. 2025

ネパール在来の四倍体トウガラシ‘Dalle Khursani’（Capsicum sp.）におけるゲノム背景の解明
近藤文哉; 亀山魁人; 田中沙智; 遠藤勝紀; 番匠弘美; 田中義行; 小枝壮太; 山本宗立; 永野惇; 根本和洋; 松島憲一
園芸学会令和7年度春季大会研究発表, Mar. 2025

Availability of phenotypic simulation for fruit-related traits in crossing progenies of chili peppers (Capsicum annuum) using genomic prediction based solely on parental information
Fumiya Kondo; Yui Kumanomido; Valentino Palombo; Nahed Ahmed; Shino Futatsuyama; Kazuhiro Nemoto; Mariasilvia D’Andrea; Kenichi Matsushima
XIX International Solanaceae Conference (SOL2024), Nov. 2024

Identification of inheritance and genetic loci responsible for wrinkled fruit surface in chili pepper
Ahmed Nahed; Kenichi Matsushima; Kazuhiro Nemoto; Fumiya Kondo
園芸学会令和6年度秋季大会研究発表, Nov. 2024

ゲノミック予測技術を用い たトウガラシ（Capsicum annuum）交配後代における 果実諸形質値のシミュレー ション
近藤文哉; 熊埜御堂 由依; 根本和洋; Palombo Valentino; D'Andrea Mariasilvia; 松島 憲一
園芸学会令和6年度秋季大会研究発表, Nov. 2024

MIG-seq による 2000 年代以前に収集された信州在来そばの遺伝的キャラクタライズ
近藤文哉; 増田栞; 山根健司; 丸山秀幸; 村山敏; 根本和洋; Valentino Palombo; Mariasilvia D’Andrea; 松島 憲一
日本育種学会146回講演会, Sep. 2024

単為結果と果実肥大期の干ばつストレスが‘ししとう’（Capsicum annuum）の辛味変動に与える影響
新谷慎太郎; 近藤文哉; 根本和洋; 松島憲一
園芸学会令和6年度春季大会研究発表, Mar. 2024

アマランサス脱粒性原因遺伝子の探索に関する遺伝学的研究
藤原 怜生; 近藤文哉; 御子柴宝; 松島憲一; 根本和洋
日本育種学会145回講演会, Mar. 2024

楕円フーリエ係数を用いたトウガラシ果実形状のゲノミック予測
熊埜御堂; 由依; 松島 憲一; デアンドレア マルシルビア; パランボ バレンティーノ; 根本 和洋; 近藤文哉
日本育種学会145回講演会, Mar. 2024

トウガラシ（Capsicum annuum）における楕円フーリエ解析を用いた果実形状の定量方法の検討
熊埜御堂由依; 根本和洋; 松島憲一; 近藤文哉
第30回日本育種学会中部地区談話会, Dec. 2023

Clarification of genetic regulation mechanism regarding pungent traits in Japanese chili pepper 'Shishito' Capsicum annuum
Fumiya Kondo; Kazuhiro Nemoto; Matsushima Kenichi
18th EUCARPIA International Meeting on Genetics and Breeding of Capsicum and Eggplant, Sep. 2023

Remapping the precise genomic positions of two loci (Shql3 and Shql7) associated with the reduction of pungency in chili pepper (Capsicum annuum)
Fumiya Kondo; Koyuki Umeda; Kazuhiro Nemoto; Kenichi Matsushima
Asian Horticultural Congress (AHC2023), Aug. 2023

鳥取県在来甘トウガラシ品種‘三宝大甘長’（Capsicum annuum）の非辛味形質はPun1を含む18.5 kbpの欠失に起因する
山口萌絵; 近藤文哉; 根本和洋; 松島憲一
園芸学会令和5年度春季大会研究発表, Mar. 2023

Collaborative Exploration of Capsicum and Solanum Genetic Resources in Northern Vietnam, 2022
Fumiya Kondo; Kazunori Takeda; Koyuki Umeda; Yui Kumanomido; Shiori Masuda; Van Kien Nguyen; Thi Thu Tran; Kenichi Matsushima
日本熱帯農業学会第133回講演会, Mar. 2023

ミャンマー北西部在来トウガラシ（Capsicum chinense）の遺伝的類縁関係の解明
海野研太郎; 近藤文哉; 根本和洋; 松島憲一
日本熱帯農業学会第132回講演会, Oct. 2022

東南アジア3カ国で収集したトウガラシ遺伝資源（Capsicum spp.）の特性評価
梅田小雪; 近藤文哉; 根本和洋; 松島憲一
日本熱帯農業学会第132回講演会, Oct. 2022

キダチトウガラシ（Capsucum frutescens）のヘタ離れ性に寄与するペクチンメチルエステラーゼ遺伝子の探索
新谷慎太郎; 近藤文哉; 楯晋太郎; 根本和洋; 松島憲一
園芸学会令和4年度秋季大会研究発表, Sep. 2022

Excess phosphorus fertilization reduces the pungency and expression of capsaicinoid biosynthesis genes in chili pepper (Capsicum spp.)
S. P. Sudasinghe; Fumiya Kondo; R. M.; S. M.; B. Rathnayaka; Kazuhiro Nemoto; Kenichi Matsushima
園芸学会令和4年度秋季大会研究発表, Sep. 2022

‘ししとう’（Capsicum annuum）から見出された辛味低減に関与する2遺伝子座Shql3・Shql7の遺伝効果の評価
近藤文哉; 梅田小雪; 根本和洋; 松島憲一
園芸学会令和4年度秋季大会研究発表, Sep. 2022

鳥取県在来甘トウガラシ品種‘三宝大甘長’が有するpun1遺伝子の変異検出
山口萌絵; 近藤文哉; 根本和洋; 松島憲一
園芸学会令和4年度春季大会研究発表, Mar. 2022

トウガラシ（Capsicum annuum）果実の辛味変動に関与する転写調節因子の探索
近藤文哉; 熊埜御堂由依; 根本和洋; 松島憲一
園芸学会令和4年度春季大会研究発表, Mar. 2022

‘ししとう’(Capsicum annuum)の極低辛味性に寄与する2遺伝子座Shql3・Shql7の同定
近藤文哉; 山口萌絵; 根本和洋; 永野惇; 松島憲一
園芸学会令和3年度秋季大会研究発表, Sep. 2021

Drought Stress Induced Increase of Pungency and Expression of Capsaicinoid Biosynthesis Genes in Chili pepper (Capsicum annuum L.)
R. M.; S. M.; B. Rathnayaka; Fumiya Kondo; S. P. Sudasinghe; Kazuhiro Nemoto; Kenichi Matsushima
園芸学会令和3年度春季大会研究発表, Mar. 2021

単為結果処理によって辛味変動が生じた‘ししとう’（Capsicum annuum）果実におけるトランスクリプトーム解析
近藤文哉; 山口萌絵; 根本和洋; 松島憲一
園芸学会令和3年度春季大会研究発表, Mar. 2021

鳥取県在来甘トウガラシ品種‘三宝大甘長’(Capsicum annuum)における非辛味性原因遺伝子の特定
山口萌絵; 近藤文哉; 根本和洋; 松島憲一
園芸学会令和3年度春季大会研究発表, Mar. 2021

ミャンマー北西部ザガイン地方域より収集したトウガラシ遺伝資源(Capsicum spp.)の特性評価
海野研太郎; Ohm Mar Saw; 近藤文哉; 根本和洋; 松島憲一
日本熱帯農業学会第129回講演会, Mar. 2021

辛味が変動した‘ししとう’（Capsicum annuum）果実におけるカプサイシノイド合成関連遺伝子の発現解析
近藤文哉; 根本和洋; 松島憲一
日本育種学会137回講演会, Mar. 2020

‘ししとう’（Capsicum annuum）果実の単為結果処理が辛味変動および辛味成分合成関連遺伝子発現におよぼす影響
近藤文哉; 根本和洋; 松島憲一
園芸学会令和2年度春季大会研究発表, Mar. 2020

Collaborative exploration of Capsicum plant genetic resources in Northwest Myanmar
Fumiya Kondo; Saki Yoshida; Ohm Mar Saw; Koichiro Shimomura; Norihiko Tomooka; Kenichi Matsushima
日本熱帯農業学会第127回講演会, Mar. 2020

‘ししとう’（Capsicum annuum）果実における辛味強度，種子数および辛味成分合成関連遺伝子発現の関係
近藤文哉; 根本和洋; 松島憲一
第27回日本育種学会中部地区談話会, Nov. 2019

ミャンマー北西部山岳地域におけるトウガラシ等植物遺伝資源探索
近藤文哉; Ohmmar Saw; 松島憲一
信州大学先鋭領域融合研究群産学研究所2019年度報告会, Mar. 2019

Collaborative Exploration of Plant Genetic Resouces in Northern Cambodia
Maho Tokuda; Seang Layheng; R.M.S.M.B Rathnayaka; Fumiya Kondo; Sakhan Sophany; Ouk Makara; Kenichi Matsushima
日本熱帯農業学会第125回講演会, Mar. 2019

単為結果トウガラシ果実の辛味成分合成関連遺伝子の発現解析
近藤文哉; 畠山佳奈美; 朴永俊; 根本和洋; 南峰夫; 松島憲一
園芸学会平成30年度秋季大会研究発表, Sep. 2018

Ethnobotanical Study on Chili Peppers in the Western Pacific
Grants-in-Aid for Scientific Research, Japan Society for the Promotion of Science, Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
Kagoshima University
01 Apr. 2026 - 31 Mar. 2030

トウガラシ属の栽培化を駆動した選択的スイープとその「副作用」の実態解明
科学研究費助成事業, 日本学術振興会, 若手研究
Apr. 2026 - Mar. 2029

ピーマンF1育種を省力化・高速化する果実特性予測システムの確立と実用化
公益財団法人園芸振興松島財団, 2025年度第52回研究助成金
信州大学
Apr. 2026 - Mar. 2028

What are the values of "free-range crops" without cultivation?
Grants-in-Aid for Scientific Research, Japan Society for the Promotion of Science, Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
Kyoto University
Jun. 2025 - Mar. 2028

商品化されなかった自給的在来野菜の価値は何か？
第 1 回(2025 年度)特定研究助成金「食の未来と人間社会」 萌芽研究助成金, 公益財団法人三島海雲記念財団
2025 - 2027

Clarification of mechanism regarding abiotic stress tolerance remained in semi-domesticated chili pepper-related species
Grants-in-Aid for Scientific Research, Japan Society for the Promotion of Science, Grant-in-Aid for JSPS Fellows
Kyoto University
Apr. 2024 - Mar. 2027

Assessing the Genetic and Morphological Identity of Local Buckwheat Varieties in Nagano Prefecture for Their Conservation
Grants-in-Aid for Scientific Research, Japan Society for the Promotion of Science, Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
Shinshu University
Apr. 2023 - Mar. 2026

‘ししとう’から見出されたトウガラシの辛味低減に関与する新規2遺伝子の特定
科学研究費助成事業, 日本学術振興会, 特別研究員奨励費
信州大学
Mar. 2022 - Mar. 2024

‘ししとう’の極低辛味性に寄与する2遺伝子Shql3・Shql7の遺伝効果の解明
令和3年度公益財団法人信州農林科学振興会研究助成金, 信州農林科学振興会
信州大学
Jun. 2021 - May 2022